房产证纠纷的诉讼时效为三年，但超过二十年的不予保护；诉讼时效不能阻止房产过户，但要补办手续；诉讼时效期间为三年，最后六个月内的障碍可中止时效，履行请求或提起诉讼可中断时效。
法律分析
一、房产证纠纷的诉讼时效是多久
房产证争议诉讼时效是三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护;有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
二、诉讼时效能否阻却房产过户
买卖合同是出卖人转移标的物的所有权于买受人，买受人支付价款的合同。对于不动产买卖，如双方就其移转之不动产及价款达成合意，则买卖合同成立，出卖不动产一方自应负有交付该不动产并使他方取得该不动产所有权之义务。
根据最高人民《关于贯彻执行民事法律若干问题的意见》第56条“买卖双方自愿，并立有契约、买方已交付了房款，并实际使用和管理了房屋，又没有其他违法行为，只是买卖手续不完善的，应认为买卖关系有效，但应着其补办房屋买卖手续”和最高人民《关于贯彻执行若干问题的意见（试行）》第85条“财产所有权尚未按原协议转移，一方翻悔并无正当理由，协议又能够履行的，应当继续履行”的规定。
三、诉讼时效效力如何认定
向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护；有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
（一）在诉讼时效期间的最后六个月内，因下列障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止：
1、不可抗力；
2、无民事行为能力人或者民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权；
3、继承开始后未确定继承人或者遗产管理人；
4、权利人被义务人或者其他人控制；
5、其他导致权利人不能行使请求权的障碍。
自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
（二）诉讼时效有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：
1、权利人向义务人提出履行请求；
2、义务人同意履行义务；
3、权利人提起诉讼或者申请仲裁；
4、与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。
结语
结论：
根据相关法律规定，房产证纠纷的诉讼时效为三年，自权利人知道或应当知道权利受损以及义务人之日起计算。超过二十年的，人民不予保护，但特殊情况下可延长。诉讼时效不能阻止房产过户，只要买卖双方自愿并有契约、买方已支付房款并使用和管理房屋，应认定买卖关系有效，需补办手续。诉讼时效的效力认定，向请求保护民事权利的诉讼时效为三年，期间自权利受损之日起计算。最后六个月内遇到障碍无法行使请求权的，诉讼时效中止，中止原因消除六个月后，时效期间届满。诉讼时效中断的情形包括权利人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等，中断后重新计算时效期间。
法律依据
不动产登记暂行条例：第三章 登记程序 第二十条 不动产登记机构应当自受理登记申请之日起30个工作日内办结不动产登记手续，法律另有规定的除外。
不动产登记暂行条例：第五章 法律责任 第三十二条 不动产登记机构、不动产登记信息共享单位及其工作人员，查询不动产登记资料的单位或者个人违反国家规定，泄露不动产登记资料、登记信息，或者利用不动产登记资料、登记信息进行不正当活动，给他人造成损害的，依法承担赔偿责任；对有关责任人员依法给予处分；有关责任人员构成犯罪的，依法追究刑事责任。
不动产登记暂行条例：第一章 总 则 第五条 下列不动产权利，依照本条例的规定办理登记：
（一）集体土地所有权；
（二）房屋等建筑物、构筑物所有权；
（三）森林、林木所有权；
（四）耕地、林地、草地等土地承包经营权；
（五）建设用地使用权；
（六）宅基地使用权；
（七）海域使用权；
（八）地役权；
（九）抵押权；
（十）法律规定需要登记的其他不动产权利。
