企业注销应收应付有余额的处理方法如下：
1、企业持有待售的固定资产，应当对其预计净残值进行调整；
2、企业出售、转让、报废固定资产或发生固定资产毁损，应当将处置收入扣除账面价值和相关税费后的金额计入当期损益；
3、企业将发生的固定资产后续支出计入固定资产成本的，应当终止确认被替换部分的账面价值；
4、企业所有的电脑、生产设备等固定资产不能够直接折现，公司在注销前是要进行清算的，并且要对公司资产及负债进行处置。
企业注销的流程如下：
1、到国税拿表格，按国税的要求填写、签字、盖章、缴销、补税；
2、收回地税税务登记证，领取一张地税注销税务登记通知书；
3、到开户银行办理银行账户销户；
4、法人拿着国税、地税、银行销户的证明到公司主管工商局办理；
5、选择当地一家主流报纸，刊登注销公告；
6、登报45日后，法人再次到工商局办理注销申请；
7、法人到质监局注销代码证。
综上所述，企业申请注销的应当提交相应的文件，对公司资产进行清算，注销营业执照。
【法律依据】：
《中华人民共和国公司法》第一百八十
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
