1、开票主题不同；
2、印制单位不同；
3、联次不同；
4、抵扣税额的规定不同；
5、使用的系统不同；
6、内容不同。
卷票是按照卷筒式方式来进行分装的，而普通则是一机多票模式；普通分为两联票和五联票这两种，而卷票则不分联次，卷票的印制内容主要包括税控码、印制单位、代码、监制章、名称、机器号码等等。
1、开票主题不同：普通可以被从事经营活动，同时办理过税务登记的各类纳税人来申请领用。而专用则通常只能由一般纳税人来领用，当小规模纳税人需要使用专票时，需要由税务机关代开；
2、印制单位不同：专用是由的税务机关的主管部门来负责印制的，普票则可以由省、自治区和直辖市的地方税务局来印制；
3、联次不同：专用的联次要多于普票；
4、抵扣税额的规定不同：普票是不能够用于抵扣税额的，而专票可以凭抵扣联，来进行抵扣；
5、使用的系统不同：卷票是利用网络系统开具的，而普通是使用防伪税控系统来开具的；
6、内容不同：卷票相对于普票来说，缺少税率、税额和密码区。
卷式印制内容和要求
1.印制的基本内容包括：名称、监制章、联、代码、号码（印刷号）、机打号码、机器号、收款单位及其税号、开票日期、收款员、付款单位（两行间距）、项目、数量、单价、金额、小写合计、大写计、税控码、印制单位。
需要增加其他民族文字、英文对照以及“兑奖区”的，由省级税务局确定。
2.税控的黑标尺寸为10mm×6mm；套印位置在右上角，黑标的上沿与监制章的下沿对齐；税控监制章下沿到代码的垂直距离为5mm。
3.不定长每间隔60.96mm套印一个监制章；两个监制章中间套印一个“联”；监制章的颜色为浅红色；“联”颜色为浅棕色。“存根联”是否套印监制章及其字样、颜色由省级税务局确定。
4.有条件的地区，卷式可印制卷号。每卷印制相同的一个卷号，印在右侧；卷号应不少于8位。
法律依据
《中华人民共和国管理办法》第二条在中华人民共和国境内印制、领购、开具、取得、保管、缴销的单位和个人（以下称印制、使用的单位和个人），必须遵守本办法。
