个人所得税年度奖金已计入一次性扣税，是否还能申请退税的具体方法如下：
1、如果是全年一次性奖金收入已经扣除了个人所得税，这种情况下是不能再申请退税的。
2、如果全年一次性奖金收入还没有扣除个人所得税，这种情况可以考虑申请退税。
个人所得税退税的条件：
1、缴纳的个人所得税金额超过了应纳税额：如果个人所得税缴纳金额超过了应纳税额，就可以向税务机关申请退税，但是退税金额不能超过个人所得税实际缴纳的金额；
2、申报扣除后，应纳税额发生变化：个人在申报个人所得税时，可以扣除一些费用，如子女教育、住房租金、赡养老人等，如果这些费用发生了变化，导致应纳税额减少，就可以向税务机关申请退税；
3、具备退税资格：具备个人所得税退税资格的人员包括自然人、个体工商户、个人独资企业等，需要在税务机关规定的时间内进行申报并提供相应的证明材料。
综上所述，具体的个税退税操作流程可能因不同地区和具体情况而有所不同，申请人需在申请前仔细了解当地的相关规定和流程，并按照要求提交申请材料，确保申请顺利通过。
【法律依据】：
《中华人民共和国税收征收管理法》第三条
税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权规定的，依照制定的行规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行规相抵触的决定。
