根据相关国家规定，海关进口关税专用缴款书是可以进行抵扣的。
1、一般纳税人真实进口货物的，其取得的海关进口专用缴款书，能够根据规定抵扣；
2、海关进口专用缴款书，适用”先比对后抵扣”管理办法，如果稽核比对结果是相一致的，那么一般纳税人是可以进行申报抵扣的；
3、申报时，纳税人除了需要报送《海关完税凭证抵扣清单》纸质资料，还要同时报送载有《海关完税凭证抵扣清单》电子数据的软盘或者其他存储介质，以上资料应与纳税申报表一同向税务机关报送。注意，没有报送清单和电子数据的，不能抵扣进项税额；
4、海关代码，是指海关进口专用缴款书右上角号码的前四位。
进口关税分录处理方法：
借：库存商品或原材料（采购价+关税等）
应交税费——应交（进项税额）
贷：银行存款
综上所述，当事人取得海关进口专用缴款书的，可以进行相应抵扣。当事人可以登录相关选择确认平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款书信息，上传海关缴款书信息。经系统稽核比对相符后，当事人登录选择确认平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款书信息。
法律依据。
【法律依据】：
《国家税务总局关于管理等有关事项的公告》第二条
各地税务机关要严格执行《专用使用规定》，对不按规定开具的专用（包括项目填写不全、未盖有财务专用章或专用章等），一律不能作为税款的抵扣凭证。
