可以异地办理，但是要有当地居住证。办理时要带上本人身份证原件，港澳通行证照片以及居住证到当地出入境部门办理。
内地居民单独申请往来港澳通行证，应当按要求填写申请表，
一、提交下列材料：
1、提交符合《出入境证件相片照相指引》标准的申请人照片。
2、交验申请人居民身份证原件，申请人未满16周岁，也可交验居民户口簿；军人应交验军人身份证明。上述身份证件须留存复印件或者电子扫描图片。
3、按规定提交或者核验指纹信息。
4、按照有关规定在非常住户口所在地申请往来港澳通行证的，还须提交符合在非常住户口所在地申请条件的证明。
5、军人、登记备案的国家工作人员，应当提交本人所属单位或者上级主管单位按照人事管理权限审批后出具的同意办理出入境证件的函。
6、未实行按需申领护照地区的内地居民，还须按照有关规定出具相关证明材料。
二、办理程序：
1、申请人到受理窗口咨询、领取并填写《中国公民因私出国(境)申请表》，工作人员一次性告知许可条件、需提交的材料。
2、数码照相：根据证件制作的要求，由申请人本人到受理机关或者指定的数码照相点拍照。
3、到受理窗口取号排队。
4、申请人到受理窗口验材料并领取《回执单》。(可以选择邮政快递)
5、申请人到办理窗口凭《回执单》打印缴费收据。
6、申请人凭缴费收据到银行缴费。
7、申请人凭银行收费单据和《回执单》到受理窗口领证。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》
第三百一十九条 【骗取出境证件罪】以劳务输出、经贸往来或者其他名义，弄虚作假，骗取护照、签证等出境证件，为组织他人偷越国（边）境使用的，处三年以下有期徒刑，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
