1、犯罪主体不同。
本罪的主体是国有公司、企业、事业单位的工作人员，而非法经营同类营业罪的主体是国有公司、企业的董事和经理。
2、客观方面不同。
本罪在客观方面，所实施的行为表现为利用职务便利，将本单位的盈利业务交由自己的亲友经营，或者以明显高于市场的价格向自己的亲友进行经营管理的单位采购商品或者明显低于市场的价格向自己的亲友经营管理的单位销售商品，或者向自己的亲友经营管理的单位采购不合格商品，而使国家利益遭受重大损失或特别重大损失。而非法经营同类营业罪在客观方面则表现为行为人利用职务便利，为自己经营或者为他人经营与其所任职公司、企业同类的营业，获取非法利益，数额巨大的行为。在此，两罪虽同为结果犯，但犯罪结果有所不同，本罪的犯罪结果为使国家利益遭受重大损失，而非法经营同类营业罪为行为人获取非法利益数额巨大。
3、主观要件不同。
本罪一般是为自己谋取非法利益，为亲友牟利罪是为自己的亲友谋取非法利益；
4、行为方式不同。
本罪是行为人利用职务便利为自己或者为他人经营与其任职国有公司、企业同类的营业，为亲友牟利罪是行为人利用职务便利实施为亲友牟取商业利益的行为，如将本单位的盈利业务交由自己的亲友进行经营的，明显的高价购买亲友经营的商品，向亲友购买不合格商品；
5、定罪情节不同。
本罪以获取非法利益数额巨大为定罪标准，为亲友牟利罪以危害行为使国家利益遭受重大损失为定罪标准。
一、非法经营同类营业罪的处罚是怎样的
据《中华人民共和国刑法》第一百六十五条规定，国有公司、企业的董事、经理利用职务便利，自己经营或者为他人经营与其所任职公司、企业同类的营业，获取非法利益，数额巨大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；数额特别巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
