合同专用章是需要备案的，因为如果不备案，当印章的真实性发生争议时，就无法保护自己的权益。公司合同专用章的法律意义为，合同当事人在合同上加盖合同专用章，表明合同要约、接受阶段已经结束，双方权利义务得到最终确认，从而确定本合同是经双方协商确定的。对双方具有法律效力，当事人应当根据合同行使权利、履行义务。
【本文关联的相关法律依据】
《印章治安管理办法》第三条：
本办法所称公章是指国家权力、党政机关、司法、参政议事、、、民主党派、工会、共青团、妇联等机关、团体，企业事业单位，民政部门登记的民间组织，居（村）民委员会和各议事协调机构及非常设机构的法定名称章和冠以法定名称的合同、财务、税务、等业务专用章。
