公司怕不怕与员工打官司，要看公司是否侵犯了劳动者的利益，如果确实侵犯劳动者利益的，公司在诉讼中一般是会败诉的，要赔偿劳动者损失。
法律依据：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议；
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
第三十九条 当事人提供的证据经查证属实的，仲裁庭应当将其作为认定事实的根据。
劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。
