退耕还林的牵头主管部门为林业主管部门，涉及的管理部门很多。
各部门职责是：一般办负责退耕还林工作的综合协调，组织有关部门贯彻落实退耕还林有关的实施，办法，组织和协调退耕还林总体规划的落实
林业行政主管部门负责编制退耕还林总体规划、年度计划，主管退耕还林的实施工作，负责退耕还林工作的指导和监督检查
发展计划部门会同有关部门负责退耕还林总体规划的审核、计划的汇总、基建年度计划的编制和综合平衡
财政主管部门负责退耕还林财政补助资金的安排和监督管理
农业行政主管部门负责已垦草场的退耕还草以及天然草场的恢复和建设有关规划、计划的编制，以及技术指导和监督检查
水行政主管部门负责退耕还林还草地区小流域治理、水土保持等相关工作的技术指导和监督检查
粮食行政管理部门负责粮源的协调和调剂工作。
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