修剪柠檬树的最佳时间是在每年的2月和3月。在进行修剪时，应当遵循以下步骤：
1. 幼树整形修剪：
- 对于幼年的柠檬树，应促进中心主干的长势。对于新抽生的枝梢，除了对中心主干上的长梢保留8至10片叶子进行摘心外，其余的都需要进行嫩梢摘心。
- 保留的长度应控制在20至25厘米，这样有助于树冠的充实和健壮，加速形成分枝，增加枝组，并保持主枝的数量少而间距大，以便快速扩大树冠。
- 这样的操作有助于幼树尽早形成树冠，并早日开始结果。
2. 初结果树整形修剪：
- 修剪应以轻度疏枝和长放为主，同时注意培养优良的结果母枝，以确保每年有足够的花量来提高产量。
- 在修剪时，应结合培养树形，继续配置副主枝和侧枝。对于生长旺盛的直立枝梢，应使用拉和撑的方法进行调整。
- 修剪后，应立即涂抹愈伤防腐膜，以保护创口快速愈合，并防止病菌感染。
3. 密植树的整形修剪：
- 对于密植的柠檬树，在结果前几年，修剪应较为轻微，主要是在夏梢期去除多余的枝条，以确保果实的生长空间。
- 应促进秋梢的形成，作为结果母枝，并及时短截结果枝组。
- 对于生长过于旺盛的树势，可以在顶梢喷施智控促花王，以抑制枝梢的过度生长，促使顶梢的旺盛营养回流，从而调节树体的生长营养平衡，促进花芽的分化。
